Howedes jest wychowankiem klubu TuS Haltern, z jego rodzinnej miejscowości. W 2000 roku dołączył do drużyny juniorów Schalke 04 Gelsenkirchen.

Od 2007 roku występuje regularnie w pierwszym zespole. Rozegrał ponad 130 meczów w barwach niemieckiego klubu.

W obecnym sezonie Howedes wystąpił w 31 spotkaniach Schalke licząc rozgrywki krajowe jak i europejskie puchary.